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Table des matières

1. Cytométrie en flux
2. Biologie moléculaire
3. Green lab
4. Organigramme

Cytométrie en flux

Notre laboratoire utilise des techniques avancées de cytométrie pour analyser et trier avec précision les cellules immunitaires humaines et murines. Ces méthodes permettent d’explorer la diversité des populations cellulaires, leur activation et leurs interactions dans différents contextes biologiques et pathologiques.

Tri cellulaire multicolore

Cette approche permet d’isoler des sous-populations spécifiques de cellules en fonction de leur morphologie à partir d’un mélange complexe, grâce à la détection simultanée de plusieurs marqueurs fluorescents et des caractéristiques morphologiques. Elle est idéale pour des analyses fonctionnelles et/ou transcriptomiques.

• Équipement : BD FACS Aria III

Cytométrie en flux conventionnelle

Cette technologie repose sur l’utilisation de sources d’excitation monochromatiques fixes et sur la détection des émissions maximales à l’aide de filtres passe-bande, avec un ajustement des signaux obtenu par compensation. Nos instruments permettent de mesurer simultanément de nombreux marqueurs sur chaque cellule, qu’il s’agisse de protéines de surface, de capteurs intracellulaires ou de signaux génétiquement codés.

Nous pouvons ainsi quantifier de nombreuses populations cellulaires et suivre leurs différents états d’activation, leur prolifération ou encore leur apoptose. Cette capacité multiparamétrique offre une analyse fine des populations cellulaires, permettant d’identifier et de comparer des phénotypes distincts au sein d’échantillons hétérogènes, même lorsque certaines populations sont rares ou très proches.

• Équipement : CytoFLEX LX (19 détecteurs, 5 lasers)

Nous utilisons des cytomètres (Cytoflex LX, Beckman Coulter) permettant de détecter jusqu’à 18 paramètres, ainsi qu’un trieur (FacsAria II, Becton Dickinson) technologies complémentaires et  idéales pour :

• Le phénotypage cellulaire
• L’analyse de cycles cellulaires
• L’étude de la viabilité et de l’apoptose
• Le suivi d’activations cellulaires et leur tri

Cytométrie spectrale

Cette technologie de pointe détecte et analyse simultanément un grand nombre de fluorochromes sans besoin de compensation, dépassant les limitations des systèmes classiques. La cytométrie spectrale offre une approche puissante pour l’étude de systèmes biologiques complexes. Chaque fluorochrome, excité par les différents lasers, produit un spectre complet qui est collecté par une série de détecteurs.

L’analyse de ces signatures spectrales uniques, indépendantes de l’autofluorescence, rend possible la distinction précise de fluorochromes aux propriétés très similaires. Elle permet ainsi de caractériser finement les cellules immunitaires et étudier leurs phénotypes avec une résolution inédite.

• Équipement : À venir

Grâce à ces techniques, nous sommes capables de réaliser des analyses détaillées et de trier avec précision des populations rares, ouvrant la voie à des études innovantes sur la réponse immunitaire et la biologie cellulaire.

Grâce à des instruments de dernières génération (Aurora, Cyteck), la cytométrie spectrale permet la détection simultanée de plus de 30 marqueurs en utilisant le spectre complet de fluorescence.

Elle est particulièrement adaptée pour :

• Les panels complexes avec chevauchements spectraux
• L’analyse et le tri de populations rares
• L’exploration de microenvironnements tumoraux ou immunitaires

Tri cellulaire (Cell sorting)/ Single Cell

Nous réalisons des tris « haut débit » permettant d’isoler et de purifier des populations cellulaires d’intérêt en fonction de leur caractéristiques biologiques.

• Tris conventionnel (jusqu’à 4 populations)
• Tri spectral (jusqu’à 6 populations) pour des profils cellulaires complexes et des marquages atypiques.

Des logiciels de d’analyse de données de cytométrie (Kaluza, CytExpert, FlowJo) sont bien évidemment à disposition de l’ensemble des utilisateurs

Notre unité est équipée des dernières technologies de cytométrie en flux, permettant l’analyse précise des cellules et de leurs caractéristiques biologiques, et le tri cellulaire de populations rares avec une grande précision. Nous proposons deux approches complémentaires : la cytométrie « conventionnelle » et la cytométrie « spectrale », afin de répondre aux besoins en cytométrie en flux et en tri cellulaire  tant en Recherche Fondamentale qu’en Recherche Clinique.

Notre unité UMRS 959 est équipée de deux cytométres et d’un trieur, permettant l’analyse (phénotypage cellulaire, cycles cellulaires, viabilité, l’apoptose, activations cellulaires) et le tri cellulaire de populations rares avec une grande précision (tris «haut débit» permettant d’isoler individuellement des cellules « Single Cell » et de purifier «  Cell sorting » simultanément jusqu’à quatre populations cellulaires d’intérêt en fonction de leur caractéristiques biologiques) aussi bien en Recherche Fondamentale qu’en Recherche Clinique. Des logiciels indispensables à la « ré-analyse » des données de cytométrie ( Kaluza, CytExpert, FlowJo) sont bien évidemment à disposition de l’ensemble des utilisateurs.

Hygiène et sécurité

En tant qu’Assistant de Prévention de l’unité UMRS 959, ma mission principale est de veiller à la protection des personnes, des biens et de l’environnement, tout en garantissant le respect de la réglementation en vigueur en matière de santé, de sécurité au travail et d’hygiène dans nos activités de Recherche.

Ce rôle est essentiel pour assurer un cadre de travail sécurisé, prévenir les risques professionnels et accompagner les équipes scientifiques dans l’application des bonnes pratiques.

Biologie moléculaire

Notre équipe développe et applique des approches de pointe pour décrypter le rôle des récepteurs des lymphocytes T (TCR) et, plus récemment, des récepteurs des lymphocytes B (BCR). Comprendre la diversité et le fonctionnement de ces récepteurs est une étape clé pour décrypter les mécanismes de l’immunité et développer de nouvelles approches en immunothérapie.

Pour cela, nous utilisons un ensemble de technologies complémentaires :

• Extraction et dosage des acides nucléiques (ARN et ADN) : l’ARN est extrait à l’aide des kits Invitrogen, puis la qualité et la quantité des échantillons sont évaluées avec la Tapestation, le Nanodrop ou le Qubit, garantissant la fiabilité et la qualité des analyses ultérieures.

• Préparation automatisée des librairies TCR et BCR à l’aide des kits Takara, garantissant la robustesse, la fiabilité et ainsi que la reproductibilité.

• Analyses en cellule unique (Single cell) grâce à la technologie 10x Genomics, permettant de caractériser la diversité et l’expression des TCR à l’échelle de la cellule unique.

Ces méthodologies de pointe nous permettent de cartographier avec précision les répertoires immunitaires, de mieux comprendre leurs dynamiques et d’ouvrir la voie à des applications innovantes en immunologie et en immunothérapie.

Ce rôle est essentiel pour assurer un cadre de travail sécurisé, prévenir les risques professionnels et accompagner les équipes scientifiques dans l’application des bonnes pratiques.

Green lab (fr)

Notre unité I3 s’engage depuis plusieurs années dans une démarche éco-responsable, à différents niveaux :

• Dans nos pratiques quotidiennes au laboratoire
• Avec les autres unités de recherche du bâtiment
• À l’échelle du site Pitié-Salpêtrière / Faculté de Santé Sorbonne Université
• Avec nos tutelles (Sorbonne Université, INSERM, AP-HP)

Des actions concrètes déjà en place

• Optimisation des achats par le recensement des matériels et réactifs
• Réduction de la consommation électrique grâce au renouvellement des congélateurs -80°C et à un entretien annuel des équipements
• Tri renforcé des déchets

Un défi collectif réussi : réduction des DASRI

En 2023, nous avons rejoint l’initiative « 30 leviers pour agir ensemble » de l’AP-HP. Objectif : réduire de 10% nos Déchets d’Activité de Soins à Risque Infectieux (DASRI).
Grâce à un travail coordonné (harmonisation du tri, sensibilisation des équipes, suivi précis), nous avons atteint une réduction de près de 30% en 2024.

Le collectif Green Lab

Créé à l’échelle du site et de la Faculté de Santé, il a permis :

• L’organisation des premières journées des 4R (Réduire, Réutiliser, Réparer, Recycler)
• La mise en place d’une plateforme d’échange et de don de matériel entre laboratoires
• Le développement d’une filière de tri des plastiques en collaboration avec l’AP-HP

Un engagement institutionnel

Notre LabManager est référente « transition écologique et sociétale » de l’INSERM, contribuant aux objectifs nationaux de neutralité carbone d’ici 2050. L’institut s’engage autour de quatre axes :

1. Développer la recherche en lien avec la santé et l’environnement (One Health)
2. Porter des engagements éthiques socio-écologiques
3. Garantir un environnement de travail durable et de qualité
4. Réduire l’empreinte environnementale de ses activités

Organigramme

Unit Director

Project Manager

Executive Assistant

Administrator

Information Technology Managers

Cell sorting

Lab Manager

Molecular biology

Laboratory housekeeping

ILTOO Pharma delegation

Others (to reorganize/move later?)

M2 students